La fondazione della colonia achea di Kroton avvenne sul finire dell’VIII secolo a.C. ad opera dell’ecista Myskellos di Ripe. Dotata di un territorio fertile, la città era nota nella tradizione letteraria antica per la sua salubrità. Vi fiorì un’importante scuola medica e numerosi krotoniati si distinsero negli agoni panellenici vantando un’impressionante numero di vittorie. 

Alla metà circa del VI sec. a.C. Kroton ottenne un’importante vittoria contro Siris che gli permise di ampliare la sua influenza politica. Poco dopo la metà del VI secolo però subì una bruciante sconfitta contro Locri nella battaglia del fiume Sagra. 

Intorno al 530 a.C. circa arrivò in città Pitagora che vi stabilì una fiorente scuola influenzando, anche sul piano politico, le sorti della città. Poco dopo si acuirono i contrasti con Sibari che culminarono, nel 510 a.C., in una battaglia presso in fiume Traente. Lì le truppe crotoniati, condotte dal grande atleta olimpico Milone, sconfissero i sibariti che erano tre volte più numerosi. 

Ma il dominio dei pitagorici era destinato a finire. Una sanguinosa rivolta guidata da Cilone generò letteralmente una caccia all’uomo che causò la fine del dominio dei pitagorici e la fuga dello stesso maestro alla volta di Kaulonia. Assieme ad altre poleis Crotone fece parte della Lega Italiota, nata per difendersi dalle popolazioni italiche e poi impiegata nel 389 a.C. per contrastare senza successo l’attacco di Dionsio I, tiranno di Siracusa, nella battaglia dell’Elleporo.

Entrata nell’orbita romana come città federata nel corso dei primi decenni del III sec. a.C., dopo le guerre annibaliche, nel 194 a.C. divenne sede di una colonia di diritto romano. 

In epoca medievale la città divenne un importante presidio dei bizantini. Nel 1284 i Ruffo di Catanzaro ne divennero i signori su investitura degli Aragonesi. L’imperatore Carlo V le concesse svariati privilegi, restaurando anche il porto e il castello.