Vista l’importanza della città messapica e romana, le strutture dell’antico porto di Egnazia compaiono anche nei resoconti di visitatori eruditi e studiosi tra XVIII e XIX secolo.

Nel 1745 Francesco Maria Pratilli , nella sua opera Della Via Appia, oltre a restituirci una prima pianta della città, ricorda la presenza di acqua sorgiva nei pressi della cinta muraria a mare, definita dai locali fontana di Agnazzo.

Poiché il Pratilli non godeva di buona fama come studioso ed era anche noto come falsario di epigrafi antiche, questa sua testimonianza viene pesantemente messa in dubbio da Ludovico Pepe , un archivista pugliese che nel 1882 scrisse la prima monografia sull’antica città messapica e non riscontrò traccia alcuna della fontana, e anzi, evidenziò l’insufficienza di risorse idriche  della zona. In realtà la presenza di acqua potabile è menzionata da altre fonti più o meno contemporanee e recenti indagini di carattere paleoambientale hanno confermato la possibilità della sua esistenza. Una mappa del XVIII-XIX secolo, conservata presso l’Archivio di Stato di Bari, riporta, parimenti, la localizzazione di “fontane”. Il riferimento alla presenza di acqua potabile è fondamentale per accreditare la tesi che il porto romano continuò ad essere utilizzato anche in età medievale e moderna, non solo a causa della fortificazione che lo controllava e che rappresentava un punto notevole di orientamento dal mare, ma soprattutto perché era luogo di acquata in una zona dove l’acqua scarseggiava.

Negli anni 80 del ‘700 l’abate di Saint-Non, umanista e archeologo, compie un viaggio nel meridione italiano che dà origine ad un’opera enciclopedica pubblicata nell’arco di un lustro. Nel parlare di Egnazia afferma che “Si vedono ancora i resti di quello che potrebbe essere un molo. La costruzione di questo molo non era antica ma era stato edificato sulla costa con il materiale dell’antica città…”.

Emanuele Mola, Sovrintendente alle Antichità di Bari, in un’opera del 1796 sembra aver intravisto, ben conservate, le strutture del porto sommerso: “Il maggior cambiamento però di quel lido parmi che si ravvisi nel porto dell’antica città, il quale resta oggi sotto la Torre militare detta di Anazzo, e che serba ancora tutta la figura del suo antico stato.”

Ma è l’archeologo francese François Lenormant che in un articolo scritto nel 1882 sulla “Gazette archéologique” descrive molto bene l’antico approdo egnatino: “La pianta della città è un quadrato allungato, uno dei cui lati lunghi costeggia il mare. Vicino alla riva, su una piccola collina con una leggera pendenza, posta ad uguale distanza rispetto ai due lati corti del rettangolo e, di conseguenza, a metà della città, è stata costruita l’acropoli, le cui mura sono pure ben conservate e chiaramente caratterizzate come quelle della cinta esterna dell’abitato. Questa fortezza sovrastava e proteggeva due piccoli bacini quadrati, in parte scavati o regolarizzati a mano, tra i quali era collocata, uno a nord e l’altro a sud della collina. Vi si distinguono ancora sott’acqua le strutture divisorie, in parte conservate, delle cale delle galee.”

Sempre nel 1882 il già citato Ludovico Pepe, nella sua monografia su Egnazia, affronta la problematica relativa al porto con una discussione sulle ipotesi degli studiosi precedenti.